kegg富集分析解读_KEGG富集分析

最近做了人类和小鼠的RNAseq分析，在做KEGG enrichment同时遇到相同的报错，特地截图如下：

没错，就是说，

Error in download.KEGG.Path(species) : 

  'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...

先贴出我小鼠的代码，再分析错误吧：

kk=enrichKEGG(gene = gene.df$ENTREZID,organism = 'rno', pvalueCutoff = 0.01) 

没错，上面报错就说我的organism='rno'在他们列表里是没有的

我做人类RNA时候（organism='hsa'），第一遍跑没问题，第二遍代码没变就报上面错误，我觉得很诡异呀，检查了，没问题，然后再跑，依旧报错，特地进入给出的网页http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html检查，绝对species没问题，那问题出在哪呢，那时候领导非说我物种没搞对，委屈巴巴。。。。

然后我就上网，发现了一个骚操作，没错，就是把'rno'改成‘rat’,人类的就改成“human”，跑起来，竟然成了。。。就提交给老板，老板表示很惊讶，认为算法更新了吧，我也就忘记了

后来又调整了数据，再跑（用rat了这次），结果又报了上面错，我就又改回“rno”结果竟然成了，好了，我明白了，以后遇到这种问题，就在human和hsa，rno和rat之间来回切换，总有一个能成，目前这种error发生的原因，我四处百度Google，都没有找到，自己解决办法就是两种表示换着来，总有一款适合的，希望忽然之间，我能找到问题答案吧。

顺便吐槽一下老鼠：

隔壁做创伤修复的老板拿来老鼠的数据让我们帮忙分析，我就习惯性的用mm(mouse)做index来跑，结果竟然mapping率超级超级低，我那时候差点以为是数据有问题，后面我老板一针见血说“人家的是rat,你用mouse来跑，能行吗？”好吧，我懂了，mouse和rat一个是家鼠一个是田鼠，按理说他们很相似呀，人和老鼠的genome都可以用，但就是不行， 无论咋说吧，还好这里面又各种index,ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/rattus_norvegicus下下来，hisat2跑起来，竟然好了，真的是神奇。