atacseq的学习笔记

1.原理
      表观遗传的研究范围包括：DNA甲基化，组蛋白修饰，RNA的可变剪切，miRNA调控，转录调控，染色质可及性分析等。

  ATACSeq

全称：染色质可及性分析，又称染色质开放程度。

作用：染色质的转录活性状态，研究的是基因表达调控，表观遗传图谱，细胞分化，发育。
定义：细胞核内大分子能够与染色质中DNA发生物理接触的程度。
由核小体或其他染色质结合因子在染色质上的占据情况和拓扑结构决定，可以通过染色质中DNA对DNase的敏感性来评估。

起源：1971年，Mirsky首先使用DNase来研究染色质的结构，发现DNase对于存在于染色质中的DNA仍然可以切割，表现出染色质中的DNA对于DNase的可及性。1975年，Burkholder和Weaver研究发现DNase I对舒展状态染色质的消化速率高于对压缩状态的染色质。目前人们已经知道双螺旋的DNA与组蛋白结合后，会以染色质或染色体的形式形成高级空间结构。以人的基因组为例，每个组蛋白八聚体上缠绕有146个碱基对的DNA。连接核小体与核小体之间的DNA序列称为连接序列。活细胞中染色质的结构总是处在动态变化中，在不同类型的细胞中，或在不同的生理条件和外界刺激下，细胞核中染色中呈现不同的结构和状态。这些结构和动态变化的状态表现形式之一就是染色质可及性的变化。ATAC-seq（Assay for Transposase-Ac