在线作图丨微生物分析——alpha多样性指数分析

(21) 2024-03-29 20:01:01

今天小编给大家分享的是alpha多样性指数分析的干货~

Question 1:什么是alpha多样性指数分析?
alpha多样性分析是微生物多样性分析中一个重要的组成部分,它主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度,对某个样品或多个样品进行物种丰度(Richness)和群落中个体分配的均匀度(Eveness)两个方面的研究。alpha多样性指数主要包括:Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。
在线作图丨微生物分析——alpha多样性指数分析 (https://mushiming.com/)  第1张

Question 2:alpha多样性指数的含义?
① Richness-物种丰度;
② Ace指数-评估群落中OTU数目;
③ Chao指数-用chao1算法估计样品中所含OTU数目;
④ Shannon指数-估算样品中微生物多样性;
⑤ Simpson指数-估算样品中微生物多样性;
⑥ Pielou指数-估算均匀度;
⑦ goods_coverage指数-评估测序结果是否代表样本中微生物的真实情况;
⑧ invsimpson指数-相对于simpson指数,同样可以评估物种多样性水平的均匀的群落丰度;

THE END

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